2014년 4월~2017년 6월 간 조달청에서 근무할 당시 군복무를 위해 휴직했었고, (휴직기간 : 2014년 6월~2017년 5월) 2017년 5월 군 전역 시 국군재정관리단에서 퇴직일시금을 수령한 후, 6월 조달청에서 퇴직하면서 재차 퇴직일시금을 수령했습니다. 그런데 2017년 5월 국군재정관리단에서 제가 실제 수령한 퇴직일시금은 퇴직급여 6,249,770원에서 소득세 및 지방소득세 148,220원을 공제하고 난 6,101,550원 이었는데요, 2017년 6월 조달청에서 퇴직일시금을 수령할 때는 당시 퇴직급여 8,314,990원에 대해 계산된 소득세 및 지방소득세 197,010원이 공제됨과 동시에 국군재정관리단에서의 과세전 퇴직급여 6,249,770원 전체가 함께 공제되어 실지급액이 결정되었습니다. 결과적으로 저는 국군재정관리단에서 퇴직일시금을 지급받을 때도 세금을 납부했고(148,220원), 조달청에서 퇴직일시금을 지급받을 때도 세금을 납부했는데(197,010원), 이 과정에서 퇴직일시금을 서로 다른 기관에서 2차례 받았다는 사실만으로 중복과세된 부분이 있다고 판단됩니다. 관련하여 국세청에 질의한 결과, 첨부된 것과 같이 공무원연금관리공단에서는 공무원 재직 기간에 납입한 퇴직일시금에 대해서만 퇴직소득세를 징수하게 된다고 답을 받았습니다. 저와 같은 경우는 군복무 기간이 휴직 기간으로 재임용 또는 재가입이 이루어지지 않았기에 소득세법 시행령에 따른 과세기준일 변동은 없는 것 같습니다만, 같은 원칙을 적용하려면 조달청 퇴직시 퇴직일시금이 계산되는 과정에서 국군재정관리단 퇴직일시금에 이미 과세가 이루어진 것을 고려하여 다시 퇴직소득세가 산정되어야 한다고 생각합니다. 1. 우선 제 생각과 같이 2017년 6월 조달청 퇴직 당시 퇴직일시금에 중복과세가 이루어진 것으로 볼 수 있는지 먼저 문의드리고, 2. 중복과세인 경우 과납된 소득세를 돌려받을 수 있는지 문의드립니다.